Danau yang terbentuk dari ribuan mata air yang sebagian berada di bawah danau dan bukan aliran anak sungai ini tidak akan mengalami kekeringan walaupun di musin kemarau. Dengan luas sekitar 16.000 hektar dan kedalaman sekitar 600 meter dikelilingi oleh pegunungan bebatuan membuat tempat ini sangat indah untuk memanjakan mata saat melintasi menggunakan perahu. Airnya yang sangat jernih kadang mata akan bisa langsung melihat pemandangan bebatuan dan ikan yang berlalu lalang yang berada di bawah air.

Danau Matano dihuni oleh bermacam-macam fauna endemik air seperti udang, siput, kepiting dan ikan. Uniknya sebagian dari hewan tersebut tidak akan dijumpai didanau-danau lain yang ada di Indonesia. Di danau ini ada species hewan endemik yang khas, namanya ikan purba. Karena warnanya yang kecoklatan dan bentuknya seperti binatang purba ini warga sekitar menyebutnya Ikan Buttini. Ikan ini sangat unik. Menurut beberapa peneliti, Ikan Buttini ini hanya akan hidup dan berkembang biak di Danau Matano. Ikan Buttini sangat digemari oleh masyarakat sekitar danau, tak heran banyak masyarakat yang menggantungkan hidupnya sebagai nelayan Ikan Buttini karena selain sebagai keperluan pribadi Ikan Buttini adalah menu favorit yang dicari oleh wisatawan yang datang untuk menikmati pemandangan Danau Matano.

Selain keunikan hewan endemik, Danau Matano juga memiliki keunikan lainnya. Yaitu beberapa lubang gua yang didalamnya masih terdapat sisa peninggalan sejarah seperti tombak, parang dan alat rumah tangga yang terbuat dari besi kuningan. Sebagian dari gua berada tepat berada di bibir danau, sehingga mulut gua terkadang akan tertutup oleh air danau. Tak jauh dari pemukiman penduduk juga terdapat sebuah gua. Gua tersebut dihuni oleh kelelawar dan terdapat banyak sisa tulang belulang manusia, warga sekitar menyebutnya denga nama Gua Tengkorak. Gua Tengkorak ini dulunya adalaha sebuah makam pada saat penduduk asli belum mengenal agama. Mayat orang yang meninggal akan dimasukan ke dalam gua tersebut.